Motor sa nafúkol z 847 na 889 ccm a aj vďaka ďalším úpravám teraz trojvalec CP3 ponúka jemne zvýšený výkon 119 koní pri prísnejšej Euro5 norme. Yamaha napriek limitom sľubuje agresívnejší zvuk motora pri akcelerácii a jazdcov určite poteší aj úplne nový quickshifter. Nula devina na druhej strane schudla viac ako dve kilečká - hlavne vďaka úplne novému rámu s podsedlákom a zadnou vidlicou. Ľahšie kolesá, ľahší výfuk, celkovo je MT-09 o 4 kilá ľahšia napriek bohatšej elektronickej výbave.
Okrem nového predného Full LED svetlometu má deviatka konečne aj plnefarebnú TFT prístrojovku. Vďaka 6-osej riadiacej jednotke mohla pribudnúť pokročilá zákrutová trakčná kontrola a zákrutové ABS, wheelie control a prepínateľné jazdné režimy. Na záver ešte jemne prepracované pruženie a posilnená účinnosť prednej brzdy s radiálnym hlavným piestikom prednej brzdovej páčky.
